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El mapa de Sistemas Ecológicos Acuáticos (SEAs) de la Amazonia boliviana fue elaborado por Crespo et al. (2007) en 2007 y publicado en el año 2011, y luego se elaboró el mapa también para las otras macrocuencas (Plata, Altiplano). El mapa distignue 45 SEAs en todo Bolivia. Es un mapa construido con un enfoque ¨hibrido¨, tomando en cuenta factores geográficos, históricos (evolutivos) como climáticos. Es el mapa más apto para la explicación de los patrones en las comunidades de especies obligatoriamente acuáticas, como los peces.

Los mapas del PN Purús y de la Reserva Purús fueron elaborado en el marca del proyecto IAPA, financiado por WWF y UICN. Los mapas muestran los límites del área, la ubiación de las comunidades, la zonificación de las áreas protegidas, todos extraídos de los planes de manejo de las áreas. Además, se dispone de mapas basados en información primaria sober la fauna acuática colectada en campo.

Loa mapas de la RNVSA Manuripi están relacionados con los recursos pesqueros en el río Manuripi, y en particular con la distribución del paiche (Arapaima gigas). Se dispone también de una línea de base elaborado en cooperación con SERNAP, que contiene mapas provenientes del Plan de Manejo de la RNVSA Manuripi.

Estos mapas fueron elaborado en el marco de la elaboración del Plan de Control del paiche en la Reserva, apoyado por WWF-Bolivia y UICN, Ecuador.

En el marco del proyecto Peces para la Vida, FAUNAGUA elaboró mapas que muestran el estado de la pesca artesanal en la cuenca amazónica. Los mapas muestran las zonas de pesca, la ubicación de jlos puntos de desembarque en la zona tropical de Bolivia. Los mapas fueron elaborados después de varios años de trabajo de campo. En cooperación con WWF-Bolivia se obtuvo mapas que muestran los mercados y flujos de pescado.

En la pagina web del proyecto Peces para la Vida, FAUNAGUA administra un portal sobre el estado de la piscicultura en las cuencas amazónicas y de La Plata. Se puede acceder este portal mediante el vínculo www.pecesvida.org/portal. El portal puede ser utilizados para monitorear la evolución en el tiempo de este sector. En estanques de piscicultura se produce en la actualidad aproximadamente 6000 toneladas de pescado por año. El portal muestra la ubicación de los estanques en la zona tropical.

En el marco del proyecto Peces para la Vida, FAUNAGUA elaboró mapas que muestran el estado de la piscicultura en las cuencas amazónicas y de La Plata. Se puede acceder varios de los mapas generados mediante el vínculo www.pecesvida.org/portal. En estanques de piscicultura se produce en la actualidad aproximadamente 6000 toneladas de pescado por año. Los mapas muestran la ubicación de los estanques en la zona tropical de Bolivia. Los mapas fueron elaborados mediante análisis de imágenes satelitales y a través de visitas de campo. En coordinación con el actor público, se pretende actualizar este mapa en el año 2021.

El Parque Departamental ANMI Iténez se encuentra en el municipio de Magdalena, departamento de Beni. Con apoyo de WWF, FAUNAGUA elaboró estudios sobre la biodiversidad acuática en los ríos, lagunas y planicies de inundación de los ríos Blanco y San Martin.  En el marco de estos estudios, se generaron 35 mapas que ilustran las características físicas y ambientales de la zona. En particular, se dio énfasis a la fauna acuática, como los peces migratorios, los delfines y las nutrias.

El Parque Metropolitano de Arocagua Norte, ubicada en la región metropolitana de Cochabamba (Kanata), es un área protegida municipal, creada a través de una ley municipal. Los mapas del Parque Metropolitano del municipio de Sacaba resumen las características físicas y ambientales de esta área, ubicada entre los distritos 2 y 3 del municipio, y colindando con el Parque Nacional Tunari. Los mapas forman parte del plan de manejo que fue elaborado para esta zona. Se presenta también la propuesta de zonificación incluida en este plan. Se da particular énfasis en el potencial turístico de esta zona y de su importancia como corredor para la biodiversidad terrestre. El diagnóstico destaca el rol de esta zona para la recarga de acuíferos.

Las cuencas de los ríos Pilcomayo y Bermejo forman parte de la cuenca de La Plata, en el sur del país. En los últimos años FAUNAGUA participó una alianza que culminó en la publicación de un libro sobre la fauna acuática en estas cuencas (ver sección de publicaciones). Los 10 mapas elaborados para este libro brindan un panorama general de las características físicas y ambientales de estos ríos.